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基于GEO数据集筛选良性前列腺增生的关键基因及信号通路

Screening of key genes and associated signaling pathways in benign prostatic hyperplasia based on GEO database

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收录情况: ◇ 统计源期刊

单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院泌尿外科
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关键词: 良性前列腺增生 生物信息学 GEO数据库 差异基因

摘要:
目的通过生物信息学方法筛选良性前列腺增生(BPH)的关键基因和相关通路,探究BPH发生、发展可能的病理、生理机制。方法利用基因表达汇编(GEO)数据库下载BPH与正常前列腺组织的两个芯片数据(GSE7307与GSE119195),通过Rstudio软件对数据集进行差异基因(DEGs)筛选及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析及可视化;运用Cytoscape软件中的ClueGO插件进行基因本体论(GO)富集分析与可视化。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,在Cytoscape中可视化,并通过Cytoscape中的cytoHubba插件得到关键基因。通过NetworkAnalyst预测调控关键基因的转录因子和miRNA。结果本分析共得到36个上调DEGs,45个下调DEGs。GO分析发现DEGs主要富集于干细胞负性增殖调控、乙醇初步代谢、维生素效应等生物学过程,KEGG主要富集于Hippo信号通路、PPAR信号通路、肾素分泌等信号通路;最终得到CCL2、LPL、VCAN、IGF1、WNT2这5个关键基因。结论本研究通过生物信息学方法筛选获得可能参与BPH发生、发展的关键基因及其相关通路,为阐明BPH的发病机制提供了一定的理论基础。

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第一作者:
第一作者单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院泌尿外科
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