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胃癌相关核心基因的生物信息学分析

Investigation and evaluation of gastric cancer core genes using bioinfor matics

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收录情况: ◇ 统计源期刊

单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心
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关键词: 胃癌 生物信息学 差异基因 靶点 诊断 预后

摘要:
目的:筛选胃癌相关的核心基因及其与胃癌诊断、预后的关系,为胃癌分子诊断、靶向治疗、预后评判提供研究方向。方法:从基因表达数据库(GEO)下载胃癌相关的mRNA表达谱芯片数据,利用R软件的Limma包分别筛选出胃癌组织中较癌旁组织相比具有显著差异表达的基因(DEGs),在基因功能注释数据库(DAVID)中对DEGs进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,交互基因检索工具(STRING)及Cytoscape软件的网络分析插件CytoHubba用于构建蛋白互作网络(PPI)并进行可视化分析,筛选出核心基因;利用生存分析工具(KM数据库)分析核心基因与胃癌患者预后的关系,并量化具有预后意义的核心基因的诊断价值,利用GraphPad软件将其可视化。最后用皮尔逊(Pearson)法检验核心基因之间的相关性。结果:在GEO数据库得到的3个基因芯片表达谱中,胃癌组织与正常组织差异表达显著的基因有1 839个,上调基因851个,下调基因988个,三者取交集后,在3个表达谱芯片中均有显著差异表达的基因有66个,上调基因24个,下调基因42个;GO富集分析显示,差异表达基因的功能主要集中在细胞外空间、细胞外外泌体、消化、细胞外基质组织、胶原纤维组织;KEGG富集分析提示,差异表达基因的通路主要涉及蛋白质消化和吸收、胃酸分泌、氮代谢、ECM-受体相互作用、矿物质吸收等;PPI网络中,Cytoscape可视化分析发现10个核心基因的差异表达与胃癌的发生密切相关,KM数据库检索发现,FN1、COL1A1低表达组患者预后更佳,高表达组更差。FN1、COL1A1的AUC分别为0.93、0.90,提示两者均具有较高的诊断价值,两者的相关性分析得出相关系数r=0.59(P(0.05),提示COL1A1与FN1两者在胃癌中的表达呈正相关。结论:生物信息分析筛选的核心基因FN1、COL1A1可能成为提示胃癌患者预后、早期诊断、研发胃癌靶向药物的候选标志物或靶点。

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第一作者单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤中心
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