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通过生物信息学分析筛选影响胃腺癌患者预后的铁死亡相关基因

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收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-E

单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤科
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关键词: 生物信息学 铁死亡 胃腺癌 预后

摘要:
目的利用生物信息学分析筛选影响胃腺癌患者预后的铁死亡相关基因(ferroptosis-related genes, FRGs)。方法通过TCGA数据库下载胃腺癌的基因表达和临床数据,使用R软件获取铁死亡相关差异表达基因和预后相关基因,并最终获得影响胃腺癌预后的FRGs。使用LASSO回归分析构建风险模型,计算风险值。通过受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve, ROC)比较患者5年生存率,使用单因素和多因素生存分析筛选独立预后因素。对与胃腺癌预后相关的FRGs进行通路富集分析。结果从数据库中共得到443例患者临床信息,407个数据集。通过比较发现163个在胃腺癌中差异表达的FRGs, 25个预后相关的FRGs,取交集后发现14个影响胃腺癌患者预后的FRGs。使用LASSO回归分析,最终筛选出8个FRGs(NOX4、NOX5、GLS2、MYB、TGFBR、DUSP1、SLC1A4、NF2),构建风险模型。依据患者的风险值,区分高、低风险组,发现高风险组患者总生存率明显低于低风险组。通过多因素生存分析发现年龄、T分期和风险值可以作为独立预后因素。ROC曲线发现使用预后相关FRGs构建的风险模型能够较好地预测患者5年生存率(AUC=0.668)。对高、低风险组患者中的差异基因进行通路富集分析,发现差异基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、PI3K-Akt等基因通路有关。结论 FRGs(NOX4、NOX5、GLS2等)影响胃腺癌患者的预后,为胃腺癌的铁死亡研究提供了新的线索。

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第一作者:
第一作者单位: [1]华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤科
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