目的探讨胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案。方法提取111例胃肠道间质瘤石蜡样本的基因组DNA,采用PCR-Sanger测序法检测其c-Kit基因（外显子9、11、12、13、14、17和18）与PDGFRA基因（外显子12、14和18）序列。选择套峰出现频率较高的c-Kit基因18号外显子作为实验对象,将其PCR扩增产物分为甲、乙两组（甲组将111例PCR扩增产物5μL加入2μLSAP-ExoI中,乙组将111例PCR扩增产物1μL加入2μL SAP-ExoI中）进行酶解纯化,并行Sanger法测序,比较两组测序结果中出现套峰例数及突变例数的差异性。结果甲组c-Kit基因18号外显子测序结果中有95例（95/111,85.59%）出现明显套峰;乙组中有8例（8/111,7.21%）出现明显套峰;两组套峰例数差异有统计学意义（P(0.001）。甲、乙两组111例c-Kit基因18号外显子测序结果中均有1例检测到突变,且突变位置及突变类型相同。结论充分酶解PCR扩增产物能够显著优化测序结果,降低套峰出现频率,且对突变检测未见明显影响,为胃肠道间质瘤的c-Kit/PDGFRA基因的准确测序奠定基础。