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◇ 统计源期刊
文章类型:
单位:
[1] 华中科技大学同济医学院附属同济医院器官移植研究所
华中科技大学同济医学院附属同济医院
器官移植研究所
器官移植
[2] 华中科技大学同济医学院附属协和医院皮肤科
华中科技大学同济医学院附属协和医院
出处:
ISSN:
关键词:
肾移植
慢性移植肾肾病
基因表达谱
基因富集
蛋白质相互作用
摘要:
分析慢性移植肾肾病(CAN)患者与移植物功能稳定肾移植受者外周血基因表达差异,探索CAN免疫致病机制。从GEO数据库获取GSE12187和GSE22229两个肾移植受者外周血的基因芯片表达谱数据集,选取其中13个CAN样本为实验组,15个移植物功能稳定的样本为对照组。以SAM筛选两组样本的差异表达基因。应用DAVID及GENECODIS网络工具对差异基因进行功能富集分析。通过Cytoscape软件的MiMI插件进行差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。SAM筛选出上调基因168个,下调基因141个。基因富集结果显示,上调基因主要为调控转录和翻译过程的基因,而下调基因参与广泛信号传导通路以及基因表达的调控。Cytoscape软件的PPI分析筛选出19个CAN相关核心基因。CAN患者与移植肾功能稳定受者的免疫功能状态存在显著差异;CAN致病机制涉及免疫细胞复杂的基因表达调控及细胞增值、凋亡、迁移等广泛的信号传导通路变化;免疫细胞在基因的转录、RNA加工、翻译及蛋白质代谢等环节的改变可能在CAN的致病中发挥了关键作用;TAGAP、EIF3F、NUDT21、PAPOLA、RPL等CAN核心基因的免疫调控机制需要深入探索。
基金:
国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(2009CB522407)
第一作者:
第一作者单位:
[1] 华中科技大学同济医学院附属同济医院器官移植研究所
推荐引用方式(GB/T 7714):
徐洪来,肖敏,杨超,等.慢性移植肾肾病患者外周血差异表达基因的分析[J].生物医学工程研究.2013,32(01):16-21.