目的：探讨支气管肺泡灌洗液（BALF）二代测序（NGS）在肺部感染病原体检测中的应用。方法：回顾性收集412例肺部感染患者的临床病历资料，包括常规呼吸道病原学、NGS及实验室检测结果。结果：412例患者中，有肺部基础病患者222例，无肺部基础疾病患者190例。2组患者NGS检测BALF中前3位病原体均为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和EB病毒。有肺部基础疾病组铜绿假单胞菌检出率高于无肺部基础疾病组（11.3%vs 3.2%,P=0.002）,而金黄色葡萄球菌低于无肺部基础疾病组（1.8%vs 6.8%,P=0.01）。NGS的检出率高于常规病原学检测（70.1%vs 38.3%,χ~2=9.843,P=0.002）。且NGS还检出18例少见病原体。412例NGS中，68例行宏基因二代测序（mNGS）,344例行靶基因二代测序（tNGS）。mNGS在金黄色葡萄球菌（8.8%vs 2.9%,P＜0.05）、耶氏肺孢子菌（4.4%vs 0.3%,P=0.015）、群集裂褶菌（2.9%vs 0%,P=0.027）、人类疱疹病毒1型（17.6%vs 5.2%,P＜0.001）、人类疱疹病毒7型（7.4%vs 1.5%,P=0.014）及细环病毒（4.4%vs 0%,P=0.004）的阳性率高于tNGS,而流感嗜血杆菌（11.8%vs 36.9%,P＜0.001）检出率低于tNGS。结论：NGS是肺部感染尤其是混合感染及少见病原体感染的重要补充诊断方法。不同的二代测序方法对病原体的检出率存在差异，需结合临床资料和实验室结果综合评估。